Rooney sinh ra ở khu vực ngoại ô phía Đông thành phố Liverpool có tên là Croxteth, trong một gia đình lao động nghèo khó hâm mộ câu lạc bộ Everton. Bố của cậu là Thomas Wayne, mẹ là Jeanette Marie Rooney; cậu có hai người em trai là John và Graeme. Rooney học tại trường tiểu học Our Lady & St Swithin's RC và trung học De La Salle.[3] Giống như bố mẹ, Rooney là một người Anh gốc Ai-len[4][5] và cũng là một người hâm mộ đội bóng Everton, cầu thủ mà cậu yêu thích nhất của đội bóng này là Duncan Ferguson.[6][7]

Ngoài bóng đá, Rooney còn đam mê môn quyền anh từ nhỏ, cậu chơi xen lẫn cả hai bộ môn hàng tối. Nhưng đến năm 15 tuổi, khi Rooney gia nhập câu lạc bộ Everton thì các huấn luyện viên ở đó đã bắt buộc cậu phải lựa chọn bởi việc chơi quyền anh sẽ lấy đi rất nhiều sức lực cũng như dễ dẫn tới những chấn thương và Rooney đã quyết định chọn bóng đá.[8]